له منظومة من 1333 بيتا في علم التوحيد محفوظة بدار الكتب المصرية تحت رقم 177 ( مجاميع ) و يوجد منها نسخة بالمكتبة الأزهرية تحت رقم 927 ( علم الكلام ) تحدث فيها عن العقيدة الاشعرية و أيدها و تحدث فيها أيضا عن ذات الله تعالى و صفاته و الدارة الأخرة و البعث و النشور و عذاب القبر و الجنة و النار و الامام و شروطها و الخليفة و الولي و آداب الطريق و غير ذلك من القضايا الاسلامية و قد شرحها الامام / أبو علي عمر بن عبد الله محمد بن خليل السكون الاشبيلي (المتوفي عام 717 ه ) و هي محفوظة بدار الكتب تحت رقم 178 (مجاميع ) .
و لقد تصدى لآراء الشيعة الباطلة و سبهم للصحابة الكرام و هاجمهم بين للناس أباطيلهم و ألف منظومة في الرد عليهم يوجد منها أبيات حتى الآن .
و له رسالة سمهاها " الدرة اليتيمة " صدرها بجملة من الأحاديث في حق آل البيت و ذكر فيها نسبه الشريف و رحلته و هي تكملة لرسالة جده الامام / اسماعيل بن عبد الله بن الامام جعفر الصادق .
و لما زاع صيته و علم به السلطان عماد الدين بن السلطان صلاح الدين الأيوبي بعث في طلبه و جلس معه يستمع اليه فأحبه حبا شديدا و أصبح من مريديه و تلاميذه و وله منصب رئيس ديوان الحسبة الشريفة و الخراج و هي المنصب الثاني في السلطنة و ما لبث فيها الشيخ الا يسيرا حتى اعتزلها قائلا :
و لقد رأيت جماعة في عصرنا قد كنت أحسبهم على سنن السلف
فبلوتهم و خبرتهم و عرفتهم فوجدت خلقا ما بجملتهم خلف
فنفضت كفي من تعاهد وصلهم من رام وصلهم فقد رام التلف
و رأيت أسباب السلامة كلها في رميهم خلفا لظهر ثم كف
ومن أقواله رضي الله عنه : كنت في بدايتي اذكر " لا اله الا الله " لا أغفل فقالت لي نفسي مرة من ربك : فقلت ربي الله ، فقالن لي : ليس لك رب الا أنا فان حقيقة الربوبية امتثالك العبودية فأنا أقول لك أطعمني .. فتطعمني ، نم .. تنم ، قم .. تقم ، امش .. تمشي ، اسمع .. تسمع ، ابطش .. تبطش ، فأنت تمتثل أوامري كلها فاذن أنا ربك و أنت عبدي فقال فبقيت متفكرا في ذلك و ظهرت لي عين من الشريعة فقالت لي : جادلها بكتاب الله فاذا قالت لك نم فقل " كانوا قليلا من الليل ما يهجعون " و اذا قالت لك كل فقل " و كلوا و اشربوا و لا تسرفوا " و اذا قالت لك امش قل " و لا تمش في الأرض مرحا " و اذا قالت لك ابطش فقل " و لا تجعل يدك مغلولة الى عنقك و لا تبسطها كل البسط " فقلت لتلك الحقيقة : فمالي اذا فعلت ذلك ، فقالت : اخلع عليك خلع المتقيتن و أتوجك بتاج العارفين و أمنطقك بمنطق الصديقين و أقلدك بقلائد المحقيقين و أنادي عليك في سوق المحبيين " التائبون العابدون الحامدون السائحون الراكعون الساجدون الآمرون بالمعروف و الناهون عن المنكر " .
و كان يقول لمريديه : اذا أدركتكم الضرورة و الفاقة فقولوا : حسبي الله ، ربي الله يعلم أنني في ضيق .
و من أقواله المأثورة " لا يقدح عدم الاجتماع بالشيخ في محبته فنحن نحب سيد الوجود صلى الله عليه و آله و سلم و صحابته و التابعين و ما رأيناهم و ذلك لأن صورة المعتقدات اذا ظهرت لا تحتاج الى صورة الأشخاص بخلاف صورة الأشخاص اذا ظهرت تحتاج الى صورة المعتقدات فاذا حصل الجمع بينهما فذلك هو الكمال الحقيقي و من ذاق طعم الأنس بالله تعالى نسي اساءته و احسانه ومهما بقي الحس و مدركات الحس فالعقل هنا مخبول واذا لم يبقى حس و لا محسوس انطلق العقل من خباله حقا .
و كان يقول : من رأيتموه يطلب الطريق فدلوه علينا فان كان صادقا فعلينا وصوله و ان كان كاذبا طردناه لئلا يفسد المريدين فانه لا يصل الى المحبوب من بغيره محجوب .
و يحدثنا الشيخ العلامة / عبد الغفار بن نوح الأقصري في كتابه " الوحيد في سلوك أهل التوحيد " عن لقاء تم بين الخضر عليه السلام و سيدي أبي الحجاج و هو في طريقه لزيارة سيدي عبد الرحيم القنائي بقنا فيقول : سمعت الشيخ عبد العزيز المالقي يقول : قصد الشيخ أبو الحجاج زيارة السيد القنائي فاجتمع بالخضر عليه السلام فقال له الشيخ أوصني فقال الخضر : عليك بتقوى الله في السر و الخلا و ليكن عملك واحد في الخلوة و الملا ، ما فاتك من الدنيا فلا تبك عليه و ما فاتك من العمل فنح عليه ، أياك أن تأمن سفيها و لا جاهلا و احذر المداهنة و المراء و اكتم سرك و اخف أثرك تبلغ من الله تعالى أملك فقال له سيدي أبو الحجاج : ادعو لي : فقال له الخضر عليه السلام : يا من أخفاني عن أعين الخلائق أسألك أن تظهر له الحقائق و تيسر له الطرائق يا من اذا دعي أجاب يا من أظهر الجميل و ظهر بالوفا و بان عن الخفا أسألك أن تخفيه كما أخفيتني و أن تيسر له الطريق كما أوصلتني و أن تسقيه من المحبة كما سقيتني .
و يذكر ابن نوح له هذه الكرامة فيقول : أخبرني جعفر بن داوود عن أبيه أنه صحب الشيخ أبا الحجاج الأقصري وأقام عنده مدة بالأقصرين فلما جاء والد جعفر الى مدينة قوص اجتمع باصحاب كانوا له فغابوا عليه و أطعموه الحشيشة المشهورة و كانوا على موضع ماء فيه شجرة اما ترعة أو غيرها فأخذني شئ فرماني بالماء و تعلقت ثيابي بالشجرة و كدت أن أموت فرأيت الشيخ أبا الحجاج فقال : هات يدك فأطلعني فلما رحت اليه مسك أذني و فركها و قال : كي لا ترجع تأكل الحشيش .