المؤلفات :
ألَّف مولانا رضي الله عنه كتابا في المواريث سماه (تلخيص الرحبية في العلوم الفرضية) وذلك في عام 1960م وقد أعاد طبعه مرة ثانية بعد الإضافة والشرح في عام 1993م . كتب الشيخ محمد رضي الله عنه عدة كراسات (ما تزال مخطوطة) جُلها في العقائد وكثير منها كان يكتبه بعد عودته من درس الثلاثاء في الثلث الأخير من الليل ، كما له تعليقات على العديد من الكتب لم تطبع . و له أبيات شعر في ميراث أم الولد ، كما وله قصيدة على لسان السيد أحمد بن إدريس مؤسس الطريقة الإدريسية وأيضاً قصيدة على لسان الشريفة مريم الميرغنية .
وفاته:
انتقل الشيخ محمد من هذه الدنيا الفانية إلى دار النعيم السرمدي في الساعة الواحدة من بعد منتصف ليل يوم الثلاثاء الأول من شهر ذو الحجة من عام 1425 للهجرة ، الموافق 12/1/2005 للميلاد ، بالجناح الخاص بمستشفى الخرطوم بحري على بعد خطوات من مقام شيخه السيد علي . وأكرمه الله بأن طاف جثمانه الطاهر العاصمة المثلثة لوداعها مثل شيخه ، فقد كان جسر شمبات مغلقاً وقتها ، فخرج الجثمان الطاهر الزكي من مستشفى الخرطوم بحري مروراً بشوارعها حتى عبر كبري النيل الأزرق للخرطوم ، مروراً بشوارع الخرطوم ثم عبر جسر النيل الأبيض عند الفتيحاب لأمدرمان مروراً بجنوبها فإلى منزله بحي البوستة ، ومن المنزل مررواً بشمال أمدرمان ثم عبر جسر شمبات فشارع السيد علي ببحري فداخل مقام السيد علي فجامع السيد علي حيث تمت الصلاة على روحه الطاهرة الزكية ، ومن هنالك لهذا المكان الطاهر ضريح السيد المحجوب حيث وري جثمانه الثري صبيحة يوم الأربعاء رحمه الله وأنزل على ضريحه سحائب الرحمة والرضوان وأمدنا بمدده في كل وقت وآن آمين .
دعاء :
اللهم اجعل صلواتك ورحمتك وبركاتك على سيد المرسلين وإمام المتقين وخاتم النبيين عبدك ورسولك إمام الخير وقائد الخير ورسول الرحمة وعلى آل بيته وأصحابه أجمعين .
اللهم أنزل شآبيب رحمتك ومغفرتك على مولانا وشيخنا ومرشدنا وقدوتنا لطريقك الحق المستقيم الأستاذ الطيب الزكي الطاهر الشيخ محمد محمد أحمد .
اللهم أكرمنا بجاه صاحب هذه الذكرى وأفض علينا من فيوضاته وبركاته .